Introducción: la Atención Primaria (AP) es un pilar fundamental para el control de enfermedades cardiovasculares como la hipertensión arterial (HTA) y diabetes mellitus tipo 2 (DM2). La pandemia por COVID-19 ha supuesto un cambio de organización en AP, destacando la atención sanitaria vía telefónica. El objetivo es evaluar el impacto del confinamiento domiciliario por la pandemia COVID-19 en pacientes con HTA y DM2. Metodología: estudio de cohorte retrospectivo realizado en dos centros de salud urbanos y dos rurales en Guadalajara (España), recogiendo datos durante los seis meses previos y posteriores al confinamiento. Se analizó el sexo, la edad, el padecimiento COVID-19, el ámbito geográfico, el índice de masa corporal (IMC), la tensión arterial (TA), la hemoglobina glicosilada (HBa1c), el filtrado glomerular (FG), la microalbuminuria y el seguimiento telefónico durante el confinamiento. Resultados: se estudiaron 221 pacientes. No se observaron cambios estadísticamente significativos en las variables clínicas a estudio tras el confinamiento. Destacar un leve descenso del IMC en 0,29 kg/m2 (IC95%, p= 0,02) y el descenso del nivel de la HBa1c en 0,39% (IC95% p= 0,009) en los pacientes con seguimiento telefónico por enfermería. Los pacientes con peor control en su TA, HBa1c, glucemia, FG o aumento de creatinina tuvieron una mejoría de sus parámetros tras el confinamiento (p< 0,05) versus aquellos con mejor control. Conclusión: los pacientes con HTA y DM2 no se han visto afectados significativamente desde un punto de vista clínico tras el confinamiento domiciliario por COVID-19. El seguimiento telefónico por parte de enfermería ha demostrado ser un elemento importante en el mejor control de la HBa1c.